Zamulone ujście rzeki odcięło miasto od morza, co spowodowało utratę znaczenia gospodarczego. Na skutek zabagnienia stało się miejscem niezdrowym, gdzie rozprzestrzeniała się malaria. Mieszkańcy przesiedlili się na pobliskie wzgórze Ayasuluk (obecnie jest tam miasto Selcuk), a Efez już nie powrócił do dawnej świetności. Miasto niszczone było też przez trzęsienia ziemi.
