Stało się to staraniem królowej Jadwigi Andegaweńskiej, która zabiegała o wznowienie działalności uniwersytetu u papieża. Królowa sporządziła testament, w którym zapisała krakowskiej uczelni cały swój majątek osobisty. Dar ten umożliwił odnowienie uniwersytetu w pełni w 1400 roku. Jeszcze za życia Jadwigi (zmarła w 1399 roku) został powołany w 1397 roku Wydział Teologiczny - najważniejszy na uczelni. Jadwiga swoim staraniem uzyskała bullę papieską Bonifacego IX, dzięki czemu było to możliwe. Oprócz wydziału teologicznego funkcjonowały jeszcze trzy, typowe dla średniowiecznych uniwersytetów.
