Wśród bogatych zbiorów muzealnych, często unikatowych, znajdują się m.in. cenne astrolabia - przyrządy astronomiczne używane do XVIII w. - globusy i zegary słoneczne (Globus Jagielloński z ok. 1510 r. z zaznaczonym po raz pierwszy kontynentem Ameryki), lunety, mikroskopy, galeria prortretów profesorów i darczyńców, pamiątki po wielkich Polakach.
