W puszczy przebywał też dwukrotnie król Stefan Batory, a źródła historyczne podają, że po uzyskaniu specjalnego, jednorazowego zezwolenia polował tam też hetman Jan Zamoyski.
W czasach panowania króla Zygmunta III Wazy w roku 1589, rozdzielono dobra królewskie od dóbr publicznych. Puszcza Białowieska została zaliczona do tzw. królewskich dóbr stołowych (były to dobra przeznaczone wyłącznie na zaspokojenie potrzeb króla i skarbu nadwornego).