W Puszczy Białowieskiej występuje ponad 1020 gatunków roślin naczyniowych, co stanowi w przybliżeniu połowę flory Polski niżowej.

Rosną tam też m.in. 54 gatunki wątrobowców oraz ponad 200 gatunków mchów. Część z nich to relikty puszczańskie, których występowanie uzależnione jest od specyficznych warunków panujących w lasach naturalnych. Wśród najliczniej reprezentowanych w Puszczy roślin naczyniowych znajdują się: astrowate, trawy, turzycowate, różowate, bobowate, goździkowate, trędownikowate, jasnotowate, kapustowate. Jest tam też 19 gatunków paproci, 7 gatunków skrzypów, 6 gatunków widłaków, 400 gatunków porostów.