Mszę prymicyjną odprawił 2 czerwca 1972 roku w kościele Najświętszego Serca Pana Jezusa w Karpaczu. Jeszcze przed otrzymaniem święceń, w 1971 roku Popiełuszko zmienił imię na Jerzy Aleksander. Pierwszą jego parafią była parafia Trójcy Świętej w Ząbkach (1972-1975). Zajmował się tam głównie młodzieżą, ale najwięcej czasu poświęcał katechezie. Kolejną parafią była parafia pw. Matki Bożej Królowej Polski w Aninie, później był wikariuszem w warszawskim kościele Dzieciątka Jezus, gdzie pozostał zaledwie jedenaście miesięcy.
