Nazwa miasta Helsinki w powszechnym użyciu znalazła się w XIX wieku, a senat zatwierdził ją w 1819 roku.

Kiedy w 1548 roku we wsi Forsby (znanej później jako Koskela) Szwedzi założyli miasto, nazwali je Helsinge fors. Miasto było powszechnie znane jako Helsinge lub Helsing. I to właśnie od tej nazwy wzięła się współczesna fińska nazwa.

Jako część Wielkiego Księstwa Finlandii w Imperium Rosyjskim, Helsinki znane były jako Gel'singfors (Гельсингфорс).

W helsińskim slangu miasto nazywa się Stadi (od szwedzkiego słowa stad oznaczającego "miasto"). Osoby z innych obszarów Finlandii używają nazwy Hesa, a lapońska nazwa Helsinek to Helsset.