W Zamościu powołana została także Biblioteka Akademii Zamojskiej, zamknięta wraz z Akademią, jej zbiory weszły w skład powstałej w 1811 roku Biblioteki Ordynacji Zamojskiej w Warszawie.
Obecnie zbiory te, a także zbiory woluminów z prywatnej biblioteki rodowej Zamoyskich, zostały włączone do zbiorów Biblioteki Narodowej i Archiwum Głównego Akt Dawnych.