W drugiej połowie XX w. austriacka misja archeologiczna uporządkowała ruiny bazyliki św. Jana i odbudowała konfesję (grobowiec świętego, męczennika lub przedsionek prowadzący do jego grobu umieszczonego pod głównym ołtarzem, lub ołtarz) św. Jana.
Prace prowadzone ostatnio dzięki wsparciu religijnej fundacji z Limy (miasto w USA w Ohio) doprowadziły do odbudowy części kolumn i murów bazyliki.