Mimo tego Zamoyski nie zgadzał się z polityką Zygmunta III Wazy, który dążył do zdobycia władzy absolutnej oraz tronu szwedzkiego poprzez współpracę z Habsburgami.
Nie zdołał wprawdzie zdetronizować króla, ale dostał wolną rękę podczas interwencji w Mołdawii, dzięki czemu udało mu się rozciągnąć wpływy Rzeczypospolitej aż po Dunaj.
