Do najbardziej znanych budynków uniwersyteckich należą: Collegium Maius, które do połowy XV w. nazywane było Królewskim lub Jagiellońskim, Collegium luridicum - ufundowane dla prawników w 1403 r., Collegium Minus - ufundowane w 1449 r. dla młodszych profesorów wydziału sztuk wyzwolonych, Kolegium Nowodworskiego z 1643 r., Kolegium Novum i Kolegium Witkowskiego z 1454 r.