Pieczę nad budowlą od początku sprawowali gdańscy mieszczanie, jednak ich prawa były podporządkowane restrykcjom Zakonu, w przeciwieństwie do kościołów farnych w większych hanzeatyckich miastach. Ich wyobrażenie o kształcie świątyni było inne, Kzryżacy jednak stawiali swoje warunki. Budowę zakończono w latach 1360-1361.