Najcenniejszym dziełem związanym z kościołem Mariackim jest tryptyk "Sąd Ostateczny" Hansa Memlinga.

Tryptyk został stworzony między 1467 a 1471 rokiem. Wykonano go w technice temperowo-olejnej na desce. Aż do połowy XVII w. autor dzieła był nieznany, od tego czasu zaczęto go przypisywać autorstwu braci van Eyck. Autorstwo Memlinga stwierdzono dopiero w 1843 roku. Obraz został wykonany na zamówienie włoskiego bankiera Angola di Jacopo Taniego (fundator i jego żona uwiecznieni są na zamkniętych skrzydłach ołtarza) z brugijskiej filii banku Medyceuszy i miał trafić do rodowej kaplicy San Michele w kościele pod Florencją. Podczas transportu do Italii na pokładzie galery San Matteo, obraz został zdobyty przez gdańskiego kapra Pawła Beneke, dowodzącego karaką (trzymasztowy statek) o nazwie Piotr z Gdańska. Właściciele kaperskiego statku ofiarowali tryptyk kościołowi Mariackiemu. W erze napoleońskiej obraz trafił do Luwru jako łup wojenny. Po klęsce Napoleona znalazł się w Berlinie, skąd w 1817 trafił ponownie do Gdańska. W okresie II wojny światowej Niemcy wywieźli obraz do Turyngii, skąd zrabowali go Rosjanie i jako zdobycz wojenna stał się eksponatem Ermitażu. Do Gdańska powrócił w 1958 roku, jednak nie zawisł już w bazylice. Oryginał znajduje się w Muzeum Narodowym w Gdańsku, a w kościele Mariackim, w przywieżowej kaplicy św. Rajnolda znajduje się jego kopia z XIX w.