Kolejna duża konserwacja ołtarza Wita Stwosza rozpoczęła się w 2015 roku i prowadzona była przez Międzyuczelniany Instytut Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki warszawskiej i krakowskiej ASP.

Projekt kompleksowych prac badawczych i konserwatorskich objął pełną konserwację techniczną i estetyczną wszystkich elementów ołtarza wraz z badaniami fizycznymi, chemicznymi, analizą z zakresu historii sztuki, badaniami mykologicznymi oraz dendrochronologicznymi. Badania fizyko-chemiczne obejmowały m.in. fotografie w świetle białym i w światłach analitycznych, rentgenowską tomografię komputerową, analizy stratygraficzne, badania mikroskopowe i mikrochemiczne. Zbadano też techniki snycerskie i malarskie stosowane przy budowie ołtarza. Konserwacja trwała pięć lat i zakończyła się w lutym 2021 roku.