W XVI w. kraj ten został podbity przez imperium hiszpańskie.

Konkwistę na zachodnim wybrzeżu Ameryki Południowej rozpoczął Francisco Pizarro. W 1525 roku doszło do rozpadu imperium Inków, inkaskie wojska zostały rozbite, a Hiszpanie opanowali cały kraj. W 1535 roku Pizarro założył Limę, a rok później powstało wicekrólestwo Peru (Nowa Kastylia), które sprawowało władzę nad wszystkimi ziemiami zdobytymi w całej Ameryce Południowej.  Postępowała kolonizacja kraju, osadnictwo, rozwój miejscowego rzemiosła i handlu. W miejscowych kopalniach rozpoczęto eksploatację srebra.W XVII i XVIII w. Peru było najcenniejszą kolonią Hiszpanii.  Uciskani Indianie próbowali wyzwolić się spod panowania konkwistadorów organizując różne powstania, ale za każdym razem były one krwawo tłumione.