Praca duszpasterska w poprzedniej placówce okazała się zbyt wyczerpująca dla Popiełuszki. W kościele św. Stanisława Kostki początkowo zajmował się duszpasterstwem średniego personelu medycznego, a w 1981 roku został diecezjalnym duszpasterzem służby zdrowia i kapelanem Domu Zasłużonego Pracownika Służby Zdrowia. Msze sprawował w kaplicy, którą w dużej mierze sam urządził.
