Około 1600 r. p.n.e., wyspa, prawdopodobnie o nazwie Strongili, w wyniku silnego wybuchu wulkanu została zatopiona. Eksplozja wulkanu była tak gwałtowna, że w jej wyniku powstała jedna z największych na świecie kalder o średnicy 10 km. Z wyspy tej pozostały tylko jej boczne fragmenty, które dzisiaj tworzą Santorini.
Kaldera jest wielkim zagłębieniem w szczytowej części wulkanu, które powstaje w wyniku gwałtownej erupcji niszczącej górną część stożka wulkanicznego, lub w skutek zapadnięcia się stropu komory pomagmowej wraz ze stożkiem wulkanicznym.
