Jest rośliną o łodydze podnoszącej się, kanciastej, zakorzeniającej się, liściach naprzemianległych, nieparzystopierzastych. Na wierzchołku rozgałęzionej łodygi ukazują się ścisłe grona drobnych, białych kwiatów, o szypułkach wydłużających się w miarę kwitnienia. Roślina kwitnie od czerwca do września. Owocem jest wygięta łuszczyna (suchy, pękający owoc) o długości do 5 mm. Rukiew wodna dorasta do 60-80 cm wysokości.
