W czasie okupacji hitlerowskiej, w oblężonej Warszawie Jan Wedel kazał otworzyć magazyny swoich zakładów i rozdysponować między mieszkańców znajdujące się tam produkty spożywcze.

Gdy 28 września oddziały Wehrmachtu wkroczyły do Warszawy, sklep na Szpitalnej pozostał otwarty, ale mogli w nim zaopatrywać się jedynie Niemcy. Jan Wedel jak mógł, włączał się w pomoc najbiedniejszym. Otworzył stołówkę przy praskiej fabryce, w której serwowano ciepłe posiłki. Na prośbę Jarosława Iwaszkiewicza zarządził przygotowanie paczek żywnościowych dla przedstawicieli inteligencji, założył też przedszkole dla dzieci pracowników. Aby nie dopuścić do utraty pracy w sklepach kilkudziesięciu osób, wprowadził sprzedaż zabawek. Aby walczyć z głodem mieszkańców Warszawy, prowadził hodowlę świń. Pomagał wielu osobom, m.in. Januszowi Korczakowi i Józefowi Fenigsztajnowi. Z fabryki Wedla wysyłano paczki do obozów jenieckich. Wedel objął patronatem Szpital Ujazdowski.