Należy do krajów o największej bioróżnorodności na świecie (drugim po Brazylii), posiada najwyższy wskaźnik gatunków według obszaru, a także największą liczbę endemitów ze wszystkich krajów. Około 10% gatunków Ziemi żyje w Kolumbii, w tym ponad 1900 gatunków ptaków - więcej niż w Europie i Ameryce Północnej razem wziętych. Posiada 10% światowych gatunków ssaków, 14% gatunków płazów i 18% gatunków ptaków na świecie. Występuje tam około 2 000 gatunków ryb morskich i jest drugim najbardziej zróżnicowanym krajem pod względem ryb słodkowodnych.
