Wsławiona wyczynem Greka Filippidesa, który przyniósł do Aten wieść o zwycięstwie, ale do historii przeszła jako najważniejsza bitwa w dziejach starożytnych Greków - jako spotkanie wschodu z zachodem, zetknięcie się dwóch różnych cywilizacji. Barbarzyński, ekspansywny i agresywny świat perski zaatakował wolny i niezależny świat grecki, w którym obywatele cieszyli się swoimi prawami. Klęska, jaką ponieśli Persowie, ukazała wielką potęgę i dyscyplinę greckich wojowników.
Władający Imperium król Cyrus II Wielki, w ciągu niespełna 25 lat panowania podbił większość krajów Bliskiego Wschodu, w tym Jonię zasiedloną przez Greków - głównie Jonów z Attyki i Peloponezu.
Najważniejszymi miastami Jonii były: Chios, Efez, Erythraj, Fokaja, Klazomenaj, Kolofon, Lebedos, Milet, Myus, Priene, Samos, Smyrna i Teos. Miasta Jonii tworzyły suwerenne wspólnoty polityczne i religijne - tzw. polis. Obywatele wspólnot rządzili się sami, nie tworzyli struktur państwowych odrębnych od społeczeństwa i pretendujących do reprezentowania jego interesów. Około 700 roku p.n.e. jońskie polis, działając pod przewodnictwem Miletu, utworzyły związek polityczno-religijny pod nazwą Dodekapolis.
Około 560 roku p.n.e. Jonia podporządkowana została przez państwo lidyjskie, a w 546 roku p.n.e. po pokonaniu władcy Lidii - Krezusa przez Cyrusa II Wielkiego, stała się częścią Imperium Perskiego. Walcząc o kontrolę nad niezależnymi miastami Jonii, Persowie mianowali tyranów, którzy mieli rządzić każdym z miast..
Panujący od 522 roku p.n.e. Dariusz I Wielki wprowadził dużo zmian w gospodarce, między innymi nałożył daninę na tereny zamieszkałe przez podbitych Greków. Także podbicie Egiptu przez Persów (w 525 roku p.n.e.) znacznie ograniczyło handel grecki.
Zmiany te budziły niezadowolenie Greków.
W 499 roku p.n.e. wybuchło powstanie. Przywódcą powstania został tyran Miletu, Arystagoras, któremu udało się podburzyć całą Jonię przeciwko królowi perskiemu Dariuszowi Wielkiemu. W 498 r oku p.n.e. Jonowie, wspierani przez oddziały z Aten i Eretrii zdobyli i spalili perską stolicę regionu (dawną stolicę Lidii) Sardes. Spalona została tam także powszechnie znana świątynia Kybele (bogini płodności, urodzaju, wiosny i miast obronnych, strażniczki zmarłych).
Jesienią 498 roku p.n.e. Jonowie ponieśli klęskę pod Efezem. Powstanie trwało nadal, ale w latach 497 - 495 p.n.e. obie strony konfliktu znalazły się w impasie. W 494 roku p.n.e. Persowie przegrupowali armię i flotę i zaatakowali centrum rebelii w Milecie. Flota jońska starała się bronić Miletu, ale została pokonana w bitwie pod Lade. Następnie Persowie zdobyli i zburzyli Milet, a ludność Miletu dostała się pod panowanie perskie (kwiat młodzieży jońskiej posłano na dwór Dariusza, gdzie z chłopców uczyniono eunuchów, a z dziewcząt nałożnice).
W 493 roku p.n.e. Persowie narzucili Jonii ugodę pokojową. Klęska powstania spowodowała zubożenie większości dotychczas kwitnących ośrodków miejskich, które zaczęły popadać w ruinę.
Aby zrealizować swój plan, król Persji zaczął podbijać poszczególne greckie wyspy. W tym czasie sytuacja Persów była bardzo korzystna - umocnili się w Turcji i całkowicie podporządkowali sobie Macedonię. Gdy Dariusz Wielki pokonał mniejsze punkty oporu, zwrócił się przeciwko największym swoim wrogom, którzy wspomagali Jonię - Atenom i Eretrii.
W dwóch najpotężniejszych polis - Atenach i Sparcie - posłów perskich potraktowano w sposób okrutny. Ateńczycy wrzucili wysłanników do jamy w ziemi, a Spartanie do studni z wodą, polecając wcześniej zabrać stamtąd to, czego od Greków żądał król Persji.
W Persji ruszyły przygotowania do inwazji.
W roku 490 roku p.n.e. flota perska dokonała desantu i rozpoczęła oblężenie Eretrii. Po 6 dniach, na skutek zdrady, miasto zostało zdobyte. Świątynie zostały splądrowane i spalone, a ludność wywieziona i osiedlona w okolicach Suzy.
Według plotki, Persowie, aby wyłapać wszystkich Eretryjczyków, urządzili obławę. Ustawili się w jednej linii, chwycili za ręce i przeczesywali cały kraj, aby móc zameldować królowi, że wszyscy mieszkańcy, co do jednego, zostali zabici lub pojmani.
Wówczas, najszybszą metodą transportu pomiędzy Persją a Grecją było morze. Armia perska przypłynęła na 600 okrętach, nazywanych trierami, wyposażonymi w żagle i trzy rzędy wioseł. Desant morski w tym czasie dawał duże szanse zaskoczenia przeciwnika.
Dowództwo nad wyprawą objęli: Artafernes - brat króla Dariusza I i satrapa Sardes oraz Datis z Medii. W wyprawie uczestniczył także Grek Hippiasz, były tyran Aten, z których został wygnany w 510 roku p.n.e. Persowie liczyli, że zapewni im to pomoc nadal mającego w Atenach spore wpływy rodu Pizystratydów, do którego należał Hippiasz. Hippiasz znał taktykę, uzbrojenie i sposób walki Greków - stał się najważniejszym doradcą wojskowym perskiej armii. Za radą Hippiasza Persowie wylądowali w zatoce Maraton, w pobliżu położonej na równinie miejscowości Maraton, w odległości około 37 km od Aten. Równina maratońska była jednym z niewielu miejsc w Attyce, gdzie Persowie mogli wykorzystać siłę swojej konnicy.
Na wieść o wylądowaniu Persów, wojska greckie ruszyły na przeciw nim spiesznym marszem i szybko dotarły na równinę maratońską. Znajdował się tam już obóz wojsk perskich oraz oddziały konnicy. Po lewej i prawej stronie pól maratońskich znajdowały się tereny podmokłe. Grecy usadowili się na wzniesieniu i tym manewrem zablokowali Persom dwie drogi prowadzące do Aten, które stwarzały możliwość rozwinięcia natarcia i pójścia w głąb lądu.
Wysłano posłańca, który przybył do Sparty 9 września 490 roku p.n.e. Spartanie odpowiedzieli, że wezmą udział w bitwie, ale dopiero po zakończeniu obchodzonych przez 9 dni świąt Apollina Karnejskiego. Zgodnie z ówczesnym prawem sakralnym, uczestnictwo w wojnie w trakcie świąt religijnych było świętokradztwem. Ateńczycy zdecydowali zatem o ataku bez dodatkowego wsparcia.
Miarą tego strachu było podjęcie przez zgromadzenie ludowe w Atenach uchwały, zgodnie z którą obiecano bogom ofiarę w wysokości jednego kozła za każdego zabitego Persa. W Atenach obiecano wolność wszystkim niewolnikom, którzy wezmą udział w bitwie.
Ateńczycy dowodzeni byli przez 10 strategów reprezentujących 10 ateńskich fyl (jednostka terytorialna w starożytnej Grecji). Na czele wojsk greckich stał Miltiades, syn ateńskiego arystokraty Cimona, który znał taktykę Persów.
Była to ciężkozbrojna piechota, tworzona przez wolnych zamożnych obywateli polis oraz chłopów, pod warunkiem, że posiadali zaprzęg wołów. Hoplici nosili pancerze zrobione z brązu i charakterystyczne hełmy z grzebieniem z końskiego włosa. Nogi od kolan po kostki zabezpieczone mieli nagolennikami. Do walki używali drewnianej włóczni zakończonej żelaznym grotem oraz dodatkowo miecza wykonanego z brązu lub żelaza. Do ochrony służyła im okrągła drewniana tarcza z obwódką z brązu, nazywana hoplonem.
Zasadniczą zaletą armii greckiej była jej jednorodność. Żołnierze mówili tym samym językiem, znali się w obrębie oddziałów (każda z 10 ateńskich fyli wystawiła po 1000 żołnierzy) i co najistotniejsze walczyli o swoją wolność.
Choć Ateńczycy posiadali korpus kawalerii, nie zdecydowali się go użyć, uważając, że jest zbyt słaby w porównaniu z konnicą perską.
Były to wojska mieszane, pochodzące z różnych części imperium perskiego, posługujące się różnymi językami. Wśród żołnierzy dominowali Persowie, Medowie, mieszkańcy Chuzestanu i Sakowie, Standardowym wyposażeniem perskiego wojaka pod Maratonem był łuk, krótka włócznia i miecz. Do obrony służyła wiklinowa tarcza. Przyjmuje się, że rdzenne perskie wojska posiadały lepsze opancerzenie. Sakowie słynęli z używania toporów.
Żołnierze ustawieni byli w zwartym bloku w 8–16 szeregach jeden za drugim - tarcza każdego piechura kryła nie tylko jego samego, ale także sąsiada z lewej. Działanie tego szyku było podstawą greckiej strategii. Szyk był nieustannie utrzymywany - w razie upadku jednego żołnierza jego miejsce natychmiast zajmował hoplita z następnego szeregu, co sprawiało wrażenie, że atak przeciwnika nie odniósł żadnego skutku. Uderzenie w zwartym bloku wymagało ścisłej koordynacji kroku żołnierzy, dlatego natarciu zwykle towarzyszyła bardzo rytmiczna muzyka - przyjmuje się, że był to dźwięk piszczałek.
Wiklinowe tarcze żołnierzy perskich były i na tyle duże, że zasłaniały niemal całego żołnierza, który posiadał dodatkowo włócznię. Żołnierze wyposażeni w tarcze ustawiali się w pierwszym rzędzie. Za takim murem ustawiali się łucznicy, którzy chronieni przez tarcze, zasypywali przeciwnika gradem strzał. Następnie dochodziło do właściwego starcia, w którym używano mieczy i włóczni. Ciężkozbrojna konnica używana była do manewrów oskrzydlających i niszczenia rozbitego wcześniejszymi przeciwnika, osłaniała także piechurów.
Obie armie stały na przeciw siebie w wyczekiwaniu na ruch drugiej - Grecy za zasiekami z pni drzew oliwnych. W nocy podczołgali się do nich jońscy zbiegowie z armii perskiej, siłą wcieleni do wrogich wojsk, i przekazali informację o braku konnicy w obozie Persów. Najprawdopodobniej Persowie zdecydowali się wysłać na swoich okrętach konnicę, która szybkim atakiem miała zaskoczyć Ateny pozbawione obrońców, bowiem ci znajdowali się pod Maratonem. Brak perskiej konnicy stanowił dla Greków okazję do ataku - konnica była dla nich bardzo groźna.
Szyk wojsk ateńskich i wspomagających ich Platejczyków został przeformowany w taki sposób, że skrzydła były dwukrotnie silniejsze niż centrum (historycy przypuszczają, że uszczuplono środek, by dostosować długość falangi do długości linii wojsk perskich). Na rozkaz Miltiadesa najeżona włóczniami falanga, przy wtórze piszczałek, ruszyła rytmicznym marszem w kierunku pozycji Persów. Gdy żołnierze znajdowali się w odległości 200 - 150 metrów od Persów, ruszyli biegiem, aby ograniczyć straty zadawane przez perskich łuczników. Widząc swoją liczebną przewagę w centrum bitwy, Persowie ruszyli do ataku. W tym momencie mocniejsze greckie flanki uderzyły na słabsze perskie skrzydła, rozbiły je i tworząc półkole oskrzydliły, dosłownie miażdżąc agresorów. Persowie widząc przewagę Greków , w panice rzucili się do ucieczki w kierunku okrętów stojących w zatoce. Grecy udali się w pościg, udało im się zniszczyć 6 perskich okrętów. Reszta odpłynęła.
Tyle ciał naliczono na polu bitwy, ale szacuje się, że pewna liczba Persów utonęła w bagnach otaczających pola maratońskie.
Pozostałe okręty perskie, wraz z żołnierzami, którzy zdołali uciec, odpłynęły w kierunku Aten. Persowie liczyli, że uda im się zaskoczyć miasto pozbawione obrońców.
Według legendy, Filippides w pełnej zbroi przebiegł w szaleńczym tempie dystans 42 kilometrów. Po wypowiedzeniu słów: “radujcie się, zwyciężyliśmy”, zmarł z wycieńczenia.
Według Herodota, Filippides był również posłańcem , który wysłany został z Aten do Sparty, z prośbą o zbrojną pomoc przed bitwą. Dystans 230 kilometrów pokonał w bardzo szybkim tempie, bowiem już następnego dnia po wyruszeniu z Aten wystąpił przed władzami Sparty.
Ponoć przybyli do miasta w chwili, gdy w Faleronie - ówczesnym najważniejszym ateńskim porcie, pojawiła się flota perska.
Widząc uzbrojone miasto, Persowie wycofali się.
Według Herodota pokonali 220 kilometrów w 3 dni. Policzyli poległych, pogratulowali zwycięstwa nielicznym Ateńczykom, którzy zostali pod Maratonem, by pilnować łupów. Następnie, ponieważ nie zastali wrogów, wrócili do domu.
Po raz pierwszy zastosowano falangę wobec wojska silniejszego liczebnie. Również w wymiarze politycznym bitwa ta miała ogromne znaczenie, bowiem uratowała Grecję przed utratą niepodległości.
Bieg na dystansie 40 kilometrów wprowadzony został do nowożytnych igrzysk olimpijskich od 1896 roku. Pierwszy bieg odbył się na trasie Maraton - Ateny. Wygrał go Grek Spirydon Louis, który pokonał trasę w 2 godziny, 55 minut i 20 sekund. Obecnie dystans biegu maratońskiego liczy 42 kilometry 195 metrów. Stało się tak dlatego, że start na igrzyskach olimpijskich w Londynie w 1908 roku przesunięto do pałacu w Windsorze, aby dzieci królewskie mogły śledzić rywalizację. Okazało się, że trasa została wydłużona o 2195 metrów i tak pozostało na zawsze. Obecnie maratony odbywają się na całym świecie, w zasadzie w każdym większym mieście. Uczestnictwo w maratonie i jego ukończenie jest ekstremalną próbą zmierzenia się z własnymi możliwościami, podobną do bohaterstwa Filippidesa.