Na tron wstąpił w wieku 16 lat. Był człowiekiem pobożnym, jednak w kwestiach gospodarczych jego kompetencje pozostawiały wiele do życzenia.

Za jego panowania bardzo wzbogacili się kupcy i bojarzy, którym car nadawał ulgi handlowe. Jednocześnie najniższe warstwy społeczne popadały w coraz większe uzależnienie od możnowładców. Doprowadziło to ostatecznie do wielu wystąpień chłopskich przeciw właścicielom ziemskim.

Jego pobożność zakrajała o śmieszność i obłęd. Nakazał spalić na stosie lutnie określając je mianem diabelskich instrumentów.  W 1664 roku wymusił stosowanie się do nowych zasad obrządku prawosławnego, niepokornych poddanych spotykał okrutny los. Przywódcę starego obrządku spotkało zesłanie, ale zanim to nastąpiło, na jego oczach żywcem pogrzebano jego żonę i dzieci.

Za jego panowania miała miejsce wojna polsko-rosyjska(1654-1667), jedna z najbardziej wyniszczających Rzeczpospolitą wojen. Zakończyła się rozejmem andruszowskim, na mocy którego Polska odzyskała Inflanty Polskie i utraciła znaczną część Ukrainy (wraz z Kijowem). W latach 1656-1658 Aleksy toczył jeszcze wojnę ze Szwecją, tu jednak nie odniósł założonych celów.